神秘组织N.E.S.T.S.经过《拳皇99》的失败后，就像人间蒸发般，完全断绝了关于他们的消息时间流逝，距离上次大会快将一年，这时候世界各地突然发生各种恐怖活动！究竟是什么组织策划？明察暗访，以希顿上校为首的军队终于调查到，一连串的恐怖活动，是由K和Maxima两人所引起的？！

在希顿上校准备前往追查两人的同时，新一届《拳皇大赛》亦将开始世界各地纷纷热闹起来，各地的格斗家们也为这个大会而雀跃！但叫人惊讶的是在招待选手中，竟然存在K和Maxima所组成的队伍？！究竟怎么一回事呢？为什么他们也会参加

至于沉默了接近一年的N.E.S.T.S.组织，亦在这时候发动第二阶段计划？！是偶然还是预谋？！一切的谜题，都只是为大家带来一个讯息：新一届THE KING OF FIGHTERS即将开幕！

通用操作方法：A：轻拳B：轻腿C：重拳D：重腿前冲：→→后退：←←小跳跃：向上方短按↖或↑或↗中跳跃：冲刺中按↖或↑或↗大跳跃：冲刺中按住↖或↗防卫并紧急回避-前方：防卫中→+AB同时按（消费能量）防卫并紧急回避-后方：防卫中←+AB同时按（消费能量）特殊攻击：CD同时按防卫并特殊攻击：防卫中CD同时按（消费能量）防卫弹开：给与防卫中的对手一定时间的连续攻击投技：前行靠近对方→+C受身：倒地前按AB同时按STRIKER系统：BC同时按“可得到同伴的帮助”反击模式：ABC同时按，效果：人物闪红色“可无限制使用超必杀，必杀技可接超必杀(且必杀技威力增强)”装甲模式：BCD同时按，效果：人物闪黄色“防卫超必杀不减血、受到攻击不[太]后退、可移动攻击”挑拨对手：START键